Anadolu'daki isyanlar ve Genç Osman'ın şehit edilmesi olayına adı karışan sipâhiler, halk nezdinde kazandıkları nefreti silmek için bir divân toplantısı sırasında ayaklanarak Sultan Osman Hanın kâtillerinin bulunmasını istediler. Bunun üzerine Kara Dâvûd Paşa ve Kalenderoğlu denilen kişiler yakalanarak idâm edildiler.Diğer taraftan Osmanlı Devletinin iç karışıklıklarından istifâde etmek isteyen Lehistan kazakları, daha önce imzâlanan antlaşma şartlarına uymayarak, şayka adı verilen yüz elli civârında küçük gemiyle Osmanlı kıyılarına saldırdılar. Kazakların üzerine gönderilen Karadeniz serdârı Dâmâd Receb Paşa, kazakları tâkip ederek Kilgra önünde bir çok gemilerini batırdı ve 21 gemiyi zabt ederek beş bin esirle İstanbul'a döndü.İstanbul'da vukûbulan karışıklıklar ve Anadolu'da meydana gelen isyanlar, Osmanlı Devletinin başında daha kudretli, azimkâr ve zeki bir pâdişâhın bulunmasını gerekli kılıyordu. Bu sebeple 1623'te sadârete getirilen Kemankeş AliPaşa, Şeyhülislâm Yahyâ Efendi ve diğer devlet erkânı toplanarak Sultan Mustafa'nın artık makâm-ı saltanatta kalmaması gerektiği husûsunda karara vardılar. Nitekim verilen fetvâ ile 10 Eylül 1623 günü Sultan Mustafa, ikinci defâ tahttan indirildi ve yerine Dördüncü Murâd Han geçti.Sultan Mustafa Han, zayıf ve nârin vücutlu idi. Yüzü her zaman solgun olup, üzüntülü bir görünüşü vardı. Son derece dindârdı. Sık sık türbeleri ziyâret eder ve çokça sadaka dağıtırdı. Saraydaki hayâtını ibâdet içinde, dini eserler ve Kur'ân-ı kerim okuyarak geçirirdi. Saltanatta gözü olmadığı için her iki hal'inde de en küçük bir memnûniyetsizlik göstermemiş, tahttan sevinçle inmiştir.20 Ocak 1639 günü Topkapı Sarayında vefât eden Sultan Mustafa Han, Ayasofya Câmii karşısındaki türbesinde medfundur.