Bu sırada veziriâzam olan Siyavuş Paşanın katline kadar, işler kayınbirâderi olan Fâzıl Mustafa Paşanın elindeydi.O, yeniçerilerin zorbalıklarına son verilmesi için veziriâzamı sıkıştırıyordu. Bunu bilen yeniçeriler veziriâzamı ölümle tehdid ederek onu Boğaz muhâfızlığı ile İstanbul'dan çıkarttılar. Hattâ katli için Şeyhülislâmdan fetvâ dahi istediler, ancak alamadılar.Bu sırada Osmanlı Devletinin içinde bulunduğu kötü durumdan kurtulması için çâreler arayan Sultan İkinci Süleymân, Şeyhülislâmın tavsiyesiyle 1689'da Fâzıl Mustafa Paşayı veziriâzamlığa getirdi.Veziriâzamlığı zamânında önemli işler yapan Mustafa Paşa, ilk iş olarak bâzı vergileri kaldırdı.Yeniçeri ağalığına getirdiği Eginli Haseki Mehmed Ağa vâsıtasıyla yeniçeri ocağını ıslah edip,maaşlardan epey tasarruf etti. Bir kış boyu gerekli tedbirleri aldıktan sonra, Rumeli'yi Avusturyalılardan kurtararak Belgrad'ı geri aldığı gibi, düşmanı Tuna ve Sava'nın ötesine attı. 1691'de düzenlediği seferde Macaristan topraklarında Slankamen mevkiindeki muhârebede şehid düştü, ancak cesedi bulunamadı. 55 yaşında şehid olan Mustafa Paşanın veziriâzamlığı iki sene üç ay sürdü. Avusturya'ya düzenlediği ikinci seferi esnâsında Sultan İkinci Süleymân vefât edip, yerine kardeşi Sultan İkinci Ahmed Han pâdişah olmuştu.Fâzıl Mustafa Paşa, açık sözlü, riyâdan hoşlanmayan bir insandı. Cesur, atılgan ve son derece cömertti. İdâreyi ele alır almaz, hükûmeti ve orduyu işe yaramayanlardan der hal temizlemiş, Rumeli'de gayri müslimlerin yer yer ayaklanıp düşmana yardım etmelerinin sebebinin vergiler olduğunu görerek, onları hafifletmiş, ticârete serbesti vermiş ve bu sâyede dâhili asâyişi temin eylemiştir.İlme son derece düşkün olan Fâzıl Mustafa Paşa, ulemâya çok rağbet eder, fırsat buldukça da ilimle meşgul olurdu. Hadis ilminde ihtisas sâhibiydi. Konağı yanına yaptırmış olduğu kütüphâneden birçok âlim ve muhaddisler istifâde ederlerdi.