Talebelerinden birisi şöyle anlatır:
“Dört oğlum tâûn hastalığından arka arkaya vefât etmişti. Hem oğullarımın vefât acıları hem de ben ve hanımım yaşlı olduğumuz için artık çocuğumuz olmayacağını da düşünerek üzgün ve perişan bir hâldeydik. Gerçi Şeyh Sıddık Efendinin tesellileri ile biraz rahatlıyordum. Fakat yaşlılığımız sebebiyle artık çocuğumuz olmayacağı hatırıma geldikçe bir hayli üzülüyordum. Şeyh Sıddık Efendi benim bu hâlimi anlayıp bir gün yine huzûrunda mahzûn mahzûn dururken; 'Sen evlat acısıyla ve bundan sonra daha çocuğun olmayacağını düşünerek kendini perişan ediyorsun. İnşallah Allahü teâlâ sana çocuk verir' buyurdu. Gerçekten bir müddet sonra hanımım yaşlı olmasına rağmen hocamın duâsı ile bir çocuğumuz oldu..."
Talebelerinden birinin çocuğu üç yaşına gelmesine rağmen henüz yürümüyordu. Bu duruma babası çok üzülüyordu. Bir gün bu çocuğunu hocası Şeyh Sıddık’ın huzûruna getirdi ve durumunu arz etti. Muhammed Sıddık hemen çocuğun elinden tutup, besmele çekerek yürütmeye başladı. Çocuk, Allahü teâlânın izniyle yürür oldu...
Sevenlerinden birisi çok hastalanmıştı. Durumunu arz etmek ve duâ istemek için Şeyh Sıddık Efendiye bir haberci gönderdi. Biraz sonra gönderdiği haberci içeri girerek; “Şeyh Sıddık Efendi hâlinizi sormak için birini göndermiş” dedi. O zât bu duruma çok şaşırdı. Gelen kişi; “Hoca Efendi size selâm söyledi. Hastalığınızın zamânının tamam olduğunu bildirmemi emretti” dedi. O zât Allahü teâlânın izniyle o gün iyileşti...
Bir gün Eyüp’teki Kâşgârî Mescidinden biri gelip, hocaları Îsâ Efendinin şifâ bulması için duâ istedi. O mübarek zat “Selâmet-i hâtimesi için Fâtiha okuyalım” buyurdu. Îsâ Efendinin o saatte vefât ettiği anlaşıldı...
Sevenlerinden biri ziyâret etmek maksadıyla huzûruna gelmişti. Şeyh Sıddık Efendi o zâtı görünce; “Arkadaşın falan zât üç güne kadar makam sâhibi olacak. Git kendisine müjdele" buyurdu. O da gidip durumu müjdeledi. Üç gün sonra Allahü teâlânın izniyle dediği gibi oldu.