Azledilmesinden sonra bir müddet Akşehir'de oturan Sinan Paşa; 1598'de Şam Beylerbeyliğine, 1599'da ikinci defâ Kaptan-ı deryâlığa tâyin edildi. 1604 İran Serdarlığı muvaffakiyetsizlikle neticelendi. Bu sebeple kaptan paşalıktan azledilerek yerine Derviş Paşa getirildi. 1606'da Diyarbakır'da kederinden vefât etti.Çağalazâde Sinân Paşa son İran Seferindeki mağlûbiyeti hâriç kendisine verilen işlerde hep muvaffak oldu. Toplam on sene süren kaptan paşalığında tecrübeli denizcilerle görüşerek iş görmüş ve muvaffak olmuştur. Gayretli ve cesur bir devlet adamıydı. İstanbul'da iki ve Beşiktaş'ta bir mescitle bir medrese ve mektebi vardı. İstanbul'daki Cağaloğlu semtinin adı bu zâttan gelmektedir.