Papa'nın çağrısıyla Almanya, Avusturya, Belçika, Bohemya, İtalya, Macaristan'dan toplanan elli bin piyâde ve yirmi bin süvâriden meydana gelen Hıristiyan ordusu, Avusturyalı Prens Mansfeld emrinde yardıma geldiğini haber alan Eflak Voyvodası Mihail, binlerce Müslümanı kılıçtan geçirip, her yeri harâb etti. Prens Mansfeld, 1 Temmuz 1595'te Osmanlı idâresindeki Macaristan'ın Estergon Kalesini kuşattı. Serdâr-ı ekrem Ferhâd Paşanın ve eski Vezir-i âzam Koca Sinan Paşanın taraftarları seferde bozgunculuk yaptılar. Ferhâd Paşa vazifesinden alınarak, Koca Sinan Paşa tekrar Vezir-i âzam ve serdarlığa getirildi. birbiri ardına gelen felaketler ve ölümler sebebiyle düşman karşısında kesin zafere gidilemedi. Sadrazamlardan Ferhâd Paşanın idâmı, Lala Mehmed ve Koca Sinan Paşaların vefatları ve 27 Ekim 1595 Köprü Faciasıyla Akıncı Ocağının çok zarar görmesi neticesinde, Estergon, Vişegrad, Tegovişte, Yergöğü düşman eline geçti. Hıristiyanlar yerli ahaliye ve esir kumandanlara insanlık dışı fiillerde bulundular. Önemli devlet adamları ile 3500 asker, Voyvoda Mihail tarafından kazığa vuruldu. Eflâk ve Macaristan cephelerinde, Osmanlı şehirlerinin düşman ordularınca yıkılıp, yakılması, ahâlinin kılıçtan geçirilmesine son vermek için Üçüncü Mehmed Han, Vezir-i âzam Dâmâd İbrahim Paşanın da tavsiyesiyle 20 Haziran 1596 târihinde Eğri Seferine çıktı. Üçüncü Mehmed Hanın, ordusunun başında bizzât sefere çıkması askerleri coşturdu. Müslümanları zulümden kurtarmak için cihâd aşkı ve şevkiyle Edirne, Filibe, Niş, Belgrad yolundan Sirem'e gelindi. 26 Ağustos 1596 târihinde Sirem'deki Salankamen Kalesindeki harp meclisinde, isyân hâlindeki Erdel üzerine mi yoksa Avusturya işgalindeki Macaristan topraklarına mı sefer edilmesi müzakeresi yapıldı. Eğri'nin askeri strateji bakımından daha fazla kıymet arz etmesinden, Avusturya Cephesi hedef tâyin edildi. 21 Eylül 1596 târihinde Macaristan topraklarındaki Eğri Ovasına gelen Sultan Mehmed Han, Otağ-ı Hümâyuna yerleşti. 24 Eylül 1596 târihinde başlatılan Eğri Kalesi kuşatmasında, 4 Ekim'de dış kalenin fethinden sonra iç kale de 12 Ekimde vire ile teslim oldu. Eğri'deki Avusturya askeri cezalandırıldı. Şehrin en büyük kilisesi câmiye çevrilerek, 18 Ekim Cumâ günü Türk-İslâm an'anesince Sultan Mehmed Han, Cumâ namazını burada kıldı. Eğri fâtihi Sultan Üçüncü Mehmed Han, 23 Ekim 1596 târihi Harp meclisi kararınca ileri harekâta devam etti. 24 Ekim 1596 târihinde, Haçova'da Alman, Avusturya, Çek, Fransız, İspanya, İtalyan, Leh, Macar, Papalık askerlerinden meydana gelen 300.000 mevcutlu Hıristiyan ordusuyla karşılaşıldı. 100-110.000 mevcutlu Osmanlı ordusu, 25 Ekim günü başlayan Haçova Meydan Muhârebesinde 26 Ekimde düşman ordusunu mağlub etti. Haçova' da büyük bir zafer kazanılmasının ardından, 22 Aralık 1596 târihinde İstanbul'a dönüldü. İstanbul'da Eğri ve Haçova zaferleri sevinciyle, üç gün üç gece merâsim ve şenlikler yapıldı. Şâir Bâki dâhil birçok divan şâirleri Sultan'a kasideler, manzum târihler ve zafernâmeler sundular. Avusturya cephesine Satırcı Mehmed Paşa Serdar-ı ekremliğe tâyin edildi. Osmanlı Devletinin Avrupa cephesinde harplerle uğraşmasını fırsat bilen İran Safevi Devleti Anadolu'da, önce propaganda faaliyetlerini başlatıp, isyanlar çıkarttı. Celâli isyanları denilen bölücü ve yıkıcı faaliyetlerin ardından, Safeviler, Osmanlı Devleti hududuna saldırdı lar. Avusturya ve İran cephelerini hall etmek çârelerini araştıran Üçüncü Mehmed Han, 1603 yılında 21/22 Aralık gecesi vefât etti. Ayasofya Câmii bahçesindeki türbesine defnedildi. Sultan Üçüncü Mehmed Han çok nâzik, halim selim, vakûr, kerim bir şahsiyete sâhipti. Sancakbeyliğinden saltanata gelen son Osmanlı pâdişahıdır. Bütün Osmanlı pâdişahları gibi iyi bir şâir olup şiirlerinde Adli mahlasını kullanırdı. Beş vakit namazını dâimâ cemâatle kılardı. Devrin kaynakları dindârlığını, hazret-i Muhammed (sallallahü aleyhi ve sellem), Dört Halife, Eshâb-ı kirâm ve âlimlere hürmetini yazar. Bunların adı bahsedildiği an hürmeten ayağa kalkardı. İçkiyi sıkı yasak edip, bütün meyhâneleri kapattı.