Fâtih Sultan Mehmed Hanın yetişmesinde, Molla Gürâni'nin büyük emeği geçti. Bu bakımdan Fâtih, şehzâdeliğinden beri hocasını çok sever, saygı ve hürmette kusûr etmezdi.Babası İkinci Murâd'dan sonra tahta geçen Fâtih Sultan Mehmed Han, Molla Gürâni'yi vezir yapmak istedi. Molla Gürâni bu teklifi kabul etmeyip; "Huzûrunuzda, size devlet işlerinde çok hizmet edenler vardır. Onların ciddi çalışmaları; vezirliğe, sadrâzamlığa kavuşmak ideallerine bağlıdır. Veziriniz onlardan başkası olursa, kalbleri muğber olur ve sultânımıza zarar gelir." dedi. Sultan bu sözü beğendi ve onu Kazasker yapmak istediğini bildirince, bunu kabul etti. Ayrıca müderrislik vazifesini de yürüttü. Daha sonra, evkâf idâresi ve kâdılık vazifesi ile Bursa'ya gönderildi. Bursa'da bir müddet hizmet etti. Ancak bâzı sebeplerle Anadolu'dan ayrılıp, Mısır'a gitti.MollaGürâni Mısır'a vardığında, Mısır Sultânı Kayıtbay'dan tam bir kabûl ve pekçok ikrâm, hürmet gördü. Bir müddet sonra Fâtih Sultan Mehmed Han, Mısır Sultânı Kayıtbay'a, Molla Gürâni'yi göndermesini ricâ etti. Kayıtbay, Fâtih Sultan Mehmed Hanın bu ricâsını Molla Gürâni'ye bildirerek; "Gitme, ben sana onunkinden daha çok ikrâm ve ihtirâm ederim." dedi. Molla Gürâni; "Evet inanıyorum, sizden çok fazla ikrâm gördüm. Ancak, benimle onun arasında baba ile oğul arasındaki gibi büyük bir sevgi vardır. Aramızdaki bu hâdise ise, bir başka şeydir. Bu sebepten tabii olarak ona meyledeceğimi bilir. Eğer ona gitmezsem sizin tarafınızdan gönderilmediğimi zanneder ve aranıza düşmanlık girebilir." cevâbını verdi. Bu cevâbı çok beğenen Sultan Kayıtbay kendisine çok para ve yolda lâzım olabilecek eşyâları verip, büyük hediyelerle Fâtih Sultan Mehmed Hana gönderdi.Molla Gürâni İstanbul'a gelince, Sultan ona çok hürmet gösterip, ikinci defâ Bursa Kâdılığına, sonra yeniden Kazaskerliğe tâyin etti. Müderrislik ve eser yazmakla meşgûl olan Molla Gürâni, 1480 (H. 885) senesinde Şeyhülislâmlık makâmına getirildi. Fâtih Sultan Mehmed Han ona; maaş, hizmetçi ve diğer yardımları yanında pekçok hediye vererek, ikrâm ve hürmet gösterdi. Sekiz sene Şeyhülislâmlık yaptı ve hakka, adâlete uymakta titizlik göstererek, gâyet güzel bir şekilde vazifesini yerine getirdi.Fâtih Sultan Mehmed Hana çok nasihat eder, işlerinde yardımcı olurdu. Ona karşı duyduğu samimi sevgi ve alâka sebebiyle, yeri geldikçe tenkit etmekten, uyarmaktan çekinmezdi. Hattâ giydiği ve yediği şeylere dikkat etmesinde, dâimâ dinin emirlerine uygunluk isterdi. Nasihatlerini sert sözlerle söylemekten çekinmezdi.Molla Gürâni; heybetli, vakûr, sarsılmaz bir ilim, haysiyet ve ahlâka sâhipti. Uzun boylu, doğru ve açık sözlüydü. Vezirleri adlarıyla çağırır, Sultan'ın huzûruna girince, yüksek sesle selâm verip müsâfeha yapardı. Dâvet edilmedikçe ve bayram günlerinden başka zamanlarda saraya gitmezdi.Müderrislikten resmen ayrıldıktan sonra da ilim öğretmeye devâm etti. Pekçok âlim yetiştirdi. Günlerini ders vermek, kitap yazmak ve ibâdetle geçirirdi. Çok hayır ve hasenâtta bulundu. Vakıf olarak; dört câmi, bir dârülhadis medresesiyle bir hamam ve binâlar yaptırmıştır.Molla Gürâni, vefât ettiği senenin bahar mevsiminde bir bahçe satın aldı. Kışa kadar o bahçede kaldı. Vezirler haftada bir bu bahçeye ziyâretine gelirlerdi. Kış geldiğinde iyice hâlsizleşti. İstanbul'daki konağına göçtü. O günlerde sabah namazını kıldıktan sonra, kendisine bir yatak hazırlanmasını istedi. Yatak hazırlandı. Kuşluk namazını kıldıktan sonra kıbleye dönerek, sağ yanı üzerine yattı. O gün, kendisinden Kur'ân-ı kerim ve kırâat ilmini öğrenen hâfızların, yanında toplanmasını istedi. Bu arzusu yerine getirildi. Yanına toplanan talebelerine; "Üstünüzde olan hakkımı ödeme zamânı bu gündür. İkindi vaktine kadar benim üzerime Kur'ân-ı kerim okumaya devâm ediniz, ikindiden fazla uzamaz." dedi. Talebeleri, Kur'ân-ı kerim okumaya başladılar. Durumu öğrenen vezirler de yanına geldi. Bunlar arasında bulunan Dâvûd Paşa, Molla Gürâni hazretlerini çok sevdiği için hâlini görünce dayanamayıp, ağlamaya başladı. Molla Gürâni bu hâli görünce; "Niye ağlar durursun ey Dâvûd!" dedi. Dâvûd Paşa; "Sizi böyle zayıf görünce kendimi tutamadım" cevâbını verdi. Bunun üzerine; "Ey Dâvûd! Kendi hâline ağla! Ben dünyâda râhat ve huzûr içinde yaşadım. Allahü teâlâdan ümidim odur ki, ömrümün sonunda ve son nefesimde de selâmet üzere olurum." dedi. Sonra vezire dönüp; "Benden Bâyezid'e (İkinci Bâyezid Han) selâm söyleyin, namazımı bizzât kendisi kıldırsın ve borçlarımı, defnimden önce ödesin." dedi. Sonra; "Size vasiyetim olsun! Beni kabrin yanına koyunca, ayağımı tutun ve beni kabrin başına çekin, sonra kabre koyun." buyurdu. Öğle namazını imâ ile kıldı. Sonra; "İkindi ezânı ne zaman okunacak?" dedi. İkindi vakti gelince, müezzinin ezân okumasını bekledi. Müezzin, Allahü ekber, diye ezân okumaya başlayınca, Molla Gürâni hazretleri; "Lâilâhe illallah..." diyerek vefât etti.Sultan İkinci Bâyezid Han, namazında bulundu ve borçlarını ödedi. Cenâze namazı çok kalabalık olup, İstanbul ahâlisi bu büyük âlimin vefâtına ziyâdesiyle üzüldü. Cenâzesi kabrin başına getirilince vasiyetine rağmen kimse ayağından tutup çekmeye cesâret edemedi. Cenâzesini bir hasırla kabrin yanına çektiler ve kabre indirip defnettiler.