. Kurban bayramı günü, Süleymâniye Câmiinde, bayram namazından sonra cenaze namazı kılındı. Cenâze namazını Şeyhülislâm Ebüssü'ûd Efendi kıldırdı. Bahçesi yakınında bulunan ve daha önceden hazırladığı kabrine defnolundu. Cenâzesinde vezirler, âlimler, zenginler ve fakirlerden müteşekkil çok kalabalık bir cemâat hazır bulundu. Bu cemâat, onun hâlinin iyi olduğuna, sonunun hayırlı olduğuna, tam ve âdil bir şâhitti. Vefât gecesinde; âlimler, hâfızlar, vâizler, imâmlar, tasavvuf büyükleri Kur'ân-ı kerim okudular. Kelime-i tevhid ve tesbih ile o geceyi ihyâ edip, sevâbını o büyük zâtın rûhuna hediye ettiler. Kabri üzerine İkinci Selim Hân tarafından türbe yaptırıldı. Sonra gelen Osmanlı sultanları, Yahyâ Efendinin türbesinin, câmi ve zâviyesinin ve diğer külliyâtının bakım ve tâmirini büyük bir hassâsiyetle ve aksatmadan yapmışlardır.