Hocasının vefâtından sonra da Abdürrahim Çelebi Sultan İkinci Bâyezid Hânın İstanbul'da yaptırdığı zâviyede halife oldu. Vasiyetnâmesi şöyledir:
"Bismillâhirrahmânirrahim. Yanımda bulunan kişiler şâhid olsunlar. Fakir Abdürrahim bin Ali bin Müeyyed el-Kâtib'in vasiyeti: Allahü teâlânın bir ve noksansız olduğuna, eşi, ortağı, benzeri olmadığına, hiçbir varlığa muhtaç olmadığına, doğurmadığına ve doğurulmadığına, (ana, baba ve oğul olmadığına) kesin olarak inandım. Allahü teâlâ, Muhammed aleyhisselâmı bütün insanlığa, diğer Peygamberleri de bazı kavimlere gönderdi. Hepsinin bildirdikleri haktır ve gerçektir. Onların hepsi, kıyâmet gününün, Cennet ve Cehennem'in, Mizân ve Sırât'ın, nimet, azap ve affın, kabir hayâtının hak olduğunu bildirdiler. Bu imânla yaşadım ve bu imânla vefât ediyorum. Dostlarıma ve talebelerime şunları vasiyet ediyorum:

Ben vefât ettikten sonra, ilk gecede yetmiş bin defâ 'Lâ ilâhe illallah' okusunlar. Sonra hepsi, Allahü teâlânın azâbından mutlak kurtuluşum için duâ etsinler. Allahü teâlânın her türlü azâbından, Muhammed aleyhisselâmın tebliğ ettiklerini tasdik etmemiz sebebiyle, duâlarının kabul olacağı ümidiyle kurtulabilirim. Yine dostlarıma ve talebelerime, gerekli şekilde techiz, tekfin ve defnetmelerini, kabrim üzerine türbe ve ziyâretgâh yapmamalarını, cenâze namazımda bidat işlenmemesini ve bidat ehlinden kimseyi bulundurmamalarını, elbiselerimden derecelerine göre dostlarıma ve sâlih kimselere verilmesini vasiyet ediyorum. Beni böylece duâlarıyla, kardeş ve dost olarak hatırlamalarını istiyorum. Dinen kendilerine düşen vazifelerin yapılmasını sağlamaları böylece mümkün olur. Size söylediğimi hatırlayacaksınız. İşlerimi Allahü teâlâya havâle ediyorum. Muhakkak O, kullarını görür. Kendim ve sizin için Allahü teâlâdan magfiret diliyorum. Vasiyetimi, 'Sübhâneke Allahümme ve bi-hamdike lâ ilâhe illâ ente estagfiruke ve etûbü ileyke fagfirli verhamni inneke entel gafûrurrahim' diyerek bitiriyorum. Yine dostlarıma ve talebelerime, namaz iskâtı, yemin ve oruç keffâreti için terekemden bin dirhem vermelerini ve borçlarımı ödemelerini vasiyet ediyorum."