Nihayet, Sultan Ahmed Han, o güne kadar yapılanların hepsinden daha büyük bir cami yaptırmaya karar verdi ve bu işi ile de Mehmed Ağayı görevlendirdi. Cami, Osmanlı'nın haşmetini göstermek için Ayasofya'nın tam karşısına yapılacaktı. Bu iş iiçn önce istimlaklara başlandı. O havalide bulunan 5 saray ile eski bir kilise ve birçok ev yıkıldı. Bu saraylardan yalnız Ayşe Hanım Sultan'ınki için 30.000 altın istimlak bedeli ödendi. Padişah, Mehmed Ağanın gösterdiği Cami maketini çok beğendi ve "Âferin Mimar Ağa, bu camiyi yap" emrini verdi.9 Kasım 1609 günü yapılan temel atma merasimine, Hünkar Şeyhi Aziz Mahmud Hüdâyi hazretleri de geldi ve dua etti. 8 sene süren inşaat, 8 Haziran 1617 günü bitti. İlk kılınan Cuma namazında cemaat, bu muhteşem camiye sığmadı ve caddelere taştı. O zamanda, dünyadaki 6 minareli ve 14 şerefeli tek cami idi.Mehmed Ağa, inaşşatı büyük bir tedirginlik içinde tamamladı. Çünkü, inşaatın tam karşısındaki Topkapı sarayında padişah, hergün onu takip ediyordu. Bir elinde tesbih, bir elinde cedvel, saatlerce inşaatı geziyordu. Cami inşaatı için, padişahın kendi şahsi hazinesinden 1.509.191 altın harcandı. Camiyi 22.000 kandil aydınlatıyordu. Cami ve müştemilatı için 750 görevli tayin edilmişti. Vakıfları ise akıl almaz zenginlikteydi.