Şeyh Muhammed hazretlerinin mübârek cesetlerinin gasli esnâsında orada bulunan bâzıları ileri geri konuştu ve; "Velî olsaydı böyle bir ölümle ölmezdi" dediler. O zaman Muhammed Erzincânî hazretleri, Allahü teâlânın kudretiyle dile gelip; "Ey benim hâlimi bilen Rabbim! Sana güveniyor, sana sığınıyorum" diye yüksek sesle konuştu. Bunu işiten gâfiller hayretler içinde kaldı ve tövbe istiğfâr edip onun büyüklüğünü anladılar.
Uzun Hasan, Fâtih Sultan Mehmed Hanla harb etmezden önce, Pîr Muhammed Efendiye gidip harb için izin istedi. Bunun üzerine Pîr Muhammed hazretleri ona; "Sana ve askerine lâzım olan onlarla harp etmemektir. Zîrâ onlar Müslüman gâzilerdir. Onlarla harp etmemek akıllıca bir iştir" buyurdu. Uzun Hasan, Pîr Muhammed hazretlerinden bu sözleri işitince, harb etmek istediğini belirtip dışarı çıktı. Pîr Muhammed hazretleri, Uzun Hasan'a arkasından; "Bizim sözümüzün fayda ve zararını, hayır ve şerrini bu taraflara gelince anlarsın. Gerçi şimdi bize kırılırsınız ama ne yapalım siz bilirsiniz" buyurdu...
Çok geçmeden yapılan harpte Uzun Hasan'ın askeri bozguna uğrayıp kendisi ve yakınları perişan bir hâle düştü. Sonra yine Pîr Muhammed hazretlerine gelerek âkıbetinin nereye varacağını sormadan edemedi. Pîr Muhammed Erzincânî hazretleri ona; "Fâtih Mehmed Han, şânı büyük affı seven bir sultandır. Sizi incitmezler. Edep ile hareket edeni rencide etmezler" buyurdu. Sonra çok sevdiği talebelerinden Pîr Ahmed Efendiyi Fâtih Sultan Mehmed Hana gönderip Uzun Hasan'la arasında sulh yapılmasını sağladılar.