Bu hâdiseden sonra, Sultan Murâd Hânın Hüsâmeddin-i Uşâki hazretlerine karşı sevgi ve hürmeti çoğaldı. Onun kâmil bir zât olduğuna güveni bir kat daha ziyâdeleşti ve kendisini İstanbul'a dâvet etti. Bunun üzerine Hüsâmeddin-i Uşâki, Uşak'tan ayrılıp, İstanbul'a geldiğin de; Pâdişâh, erkânı ve büyük bir halk topluluğu tarafından hürmet ve tâzim ile karşılandı. Aksaray civârında oturması için Hüsâmeddin-i Uşâki'ye bir ev tahsis edildi. Bir müddet orada kalan Hüsâmeddin-i Uşâki hazretleri, Pâdişâha yakınlığından istifâde etmek isteyenlerin verdiği sıkıntı yüzünden Uşak'a dönmeye karar verdi. Yol hazırlıklarının yapıldığını haber alan Pâdişâh, bu büyük zâtın İstanbul'da kalması için ricâda bulundu. Uşâki hazretleri, Sultan Üçüncü Murâd Hânın ricâsını kabûl edip, İstanbul'da kalmağa karar verdi. Pâdişâhın emriyle Kasımpaşa civârında Hüsâmeddin-i Uşâki'nin adına bir dergâh inşâ edildi. Burada uzun zaman kalarak, çok talebe yetiştirdi. Sohbetlerinde çok kimseler kemâle geldi. Hilâfet verdiği talebelerini Anadolu'nun çeşitli yerlerine, halka doğru yolu göstermeleri için gönderdi.Hasan Uşâki İstanbul'a geldiği zaman, evliyânın büyüklerinden Ümmi Sinân hazretleriyle görüştü. Ümmi Sinân ona Halvetilik tarikatında hilâfet verdi. Şeyh Ahmed-i Semerkandi ise, ona "Kübreviyye" ve "Nûr-i Bahriyye" yolunun hilâfetini vermişti. Hüsâmeddin Uşâki de bu yolları birleştirerek Uşâkilik tarikatını kurdu.Şöyle anlatılır: "İnsanların kalabalığından rahatsız olanHüsâmeddin Uşâki, Pâdişâhtan hacca gitmek ve Resûlullah efendimizi ziyâret etmek için izin istedi. Pâdişâh kendisine izin verdi. Sefere çıkmadan önce, oğlu Mustafa Efendiye hanımının hâmile olduğunu söyleyerek; "Bizim bu fâni âlemi terketmemiz yakındır. O saâdetli oğlumun ismini Abdürrahim koy ve kendisinin ilim ve terbiyesi ile meşgûl ol." diye vasiyette bulundu.Hüsâmeddin Uşâki, hac farizasını yerine getirip geri dönerken, Konya'da rahatsızlandı ve 1594 (H.1003) senesinde orada vefât etti.Cenâze namazı Konya'da kılındı. Vasiyeti üzerine İstanbul'a götürülmek üzere yola çıkarıldı. Konya vâlisi, yola çıkmadan önce Hüsâmeddin Uşâki'nin cesedinin kokmaması için ilâçlatmak istedi. Fakat oğulları ve talebeleri buna karşı çıkarak, Uşâki hazretlerinin kokmıyacağını söylediler ve ilâçlatmadılar. Mübârek bedeni, hiç kokmadan İstanbul'a getirildi şimdiki kabrinin bulunduğu yere defnedildi.