Niyâzi-i Mısri, bir süre Uşak ve Afyon'da insanları doğru yola sevk etmeye çalıştı. Sonra Bursa'ya gitti. Halkın isteği üzerine, Şeker Hoca Câmiinde Cumâ geceleri vâz verdi. Niyâzi-i Mısri, namazını cemâatle kılmaya dikkat ederdi. Ekseriyetle Ulu Câmide Kur'ân-ı kerim okur ve imâmlık yapardı. Bâzan vâz ve nasihat ederdi. Dördüncü Sultan Mehmed Hânın dâveti üzerine İstanbul'a tekrar giden Niyâzi-i Mısri, Ayasofya Câmiinde vâz ve nasihat vermeye memur edildi. Ayasofya Câmiinde, Sultan Dördüncü Mehmed, âlimler, tasavvuf büyükleri ve devlet erkânının da hazır bulunduğu bir gün, vâz kürsüsünden tasavvuf yolunun hak olduğuna, onların yaptıkları zikirlerin İslâm dinine aykırı olmadığına dâir hakikatı gâyet açık bir şekilde anlattı. Herkes izâhına hayran oldu. Tasavvufun, Allahü teâlânın emir ve yasaklarını seve seve yapmaya yardımcı olduğunu anladılar. Niyâzi-i Mısri, tekrar Bursa'ya döndü. İnsanları doğru yola sevk etmek için vazifesine devâm etti.Niyâzi-i Mısri'nin şöhreti günden güne arttı. 1669 senesinde Bursa'daki dergâhı yapıldı. Allahü teâlâya kavuşmak isteyen ilâhi aşk sâhibleri bu dergâhta toplanmaya başladı. Birçok ilim tâliblisi, ilim öğrenmek için dergâha koştular. Rusya ile harb başlayınca, Sadrâzam Köprülüzâde Fâzıl Ahmed Paşa, pâdişâh nâmına Niyâzi-i Mısri'yi Edirne'ye dâvet etti. Niyâzi-i Mısri üç yüz talebesi ile orduya katılmak için Edirne'ye gitti. Sonra tekrar Bursa'ya döndü. 1671 senesinde Kamaniçe seferinde ikinci defâ Edirne'ye gitti. Oradaki Eski Câmide vâz ederken, yapılan muhârebenin millet ve devlet üzerindeki acı tesirlerini anlattı. Niyâzi-i Mısri hazretleri nin bu vâzı yanlış anlamalara sebep oldu. Kendisini çekemeyenlerin şikâyeti üzerine Rodos'a gönderildi. Dokuz ay sonra mecbûri ikâmet şartıyla Bursa'ya dönmesine izin verildi. Yine Bursa'daki vâzı sırasında bâzı konuşmaları sebebiyle Limni Adasına gönderildi. 1692 senesinde tekrar Edirne'ye gitti. Selimiye Câmiinde kaldı. Ziyâretine gelen kalabalık halka vâz ve nasihat ederken, devlet işlerine dâir söylediği bâzı sözlerden dolayı tekrar Limni'ye gönderildi. Bir sene sonra da vefât etti.Şeyh Abdüllatif Gazzi Efendi, Vâkıât adlı eserinde şöyle yazmaktadır: "Birisi şeyhülislâmın huzûruna varıp, Niyâzi-i Mısri hakkında tenkid mevzû olan sözü kastederek; "Efendim bu sözü söyleyenlerin cezâsı nedir ve dinde ne lâzım gelir." diye suâl edince, ârif ve kâmil bir zât olan şeyhülislâm; "Bu sözü Niyâzi-i Mısri hazretlerinden başka kim söylerse, katlolunur. Fakat Niyâzi-i Mısri söylerse, bir hikmet ve gizli bir sır vardır. O, zâhiri ilimlerde de kemâl mertebesindedir. Onların böyle sözleri söylemesinde bir hikmet vardır. Biz onlara dil uzatmağa kâdir olamayız." diyerek, o şahsı susturdu.