Preveze Savaşı'ndan sonra adı daha çok duyulmaya başladı. Trablusgarp'ın fethi ile biten harekatta Kaptan-ı Derya Sinan Paşa ve Turgut Reis'in emrinde çalıştı. Basra'da, bir Osmanlı donanmasını Süveyş'e getirmek için, 1553 yılında Hint Kaptanı tayin edildi. Seydi Ali Reis 34 parçalık Portekiz donanması ile Güney Arabistan sahillerinde karşılaştı. Fırtınaya ve şiddetli düşman taarruzuna rağmen Demen kalesi önüne gelebildi. Burada karaya oturan üç gemiden sonra, elinde kalan altı gemiyle birlikte Güceret'in başkenti Ahmedabat'a gitti. Süveyş'i geçemeyeceğini anlayan Seydi Ali Reis, gemileri ve mühimmatı Güceret hâkimine satarak parasını İstanbul'a gönderdi ve üç yıl Osmanlı ülkesi dışında yaşadı. Daha sonra karadan Hindistan, Afganistan, Türkistan, Azerbaycan ve İran yoluyla İstanbul'a geldi. Bu seyahati Mir'atü'l-Memâlik adıyla eser haline getirdi.1557 yılında İstanbul'a döndüğünde, mahvolmuş bir donanmanın sorumlusu olmakla beraber, başına gelen olağanüstü olaylar yüzünden suçlu görülmedi. Önce müteferrika yapıldı. Ardından Diyarbakır Tımar Defterdarı tayin edildi. Bir süre Şehzade Selim'in hizmetinde çalıştı. Galata Hassa gemi reislerinden biri oldu. Seydi Ali Reis, 1562 yılında İstanbul'da öldü.Seydi Ali Reis'in coğrafya, astronomi ve matematik alanında çeşitli eserleri vardır. Eserlerinden birisi Muhit, diğeri de Mir'atü'l-Kâinât adını taşır. Ayrıca Ali Kuşçu'nun astronomiye ait bir eserini Türkçe'ye çevirmiştir. Seydi Ali Reis'in eserleri Avrupa'da da ilgi görmüş ve Almanca'ya çevrilmiştir.1562'de ölen Seydi Ali Reis'in birçok şiirleri de vardır. O hem âlim, hem sanatkâr