1424 (H.828) yılında Sultan İkinci Murâd Hân, onu ilk şeyhülislâm olarak tâyin etti. Bu vazifeyi, adâlet ve hak üzere altı sene yaptı. Devletin mühim işlerinde, sultanlar ve devlet adamları kendisiyle istişâre ederek, ilminden ve isâbetli görüşlerinden istifâde etmişlerdi. Ders okutması yanında, fetvâ işlerini ve Bursa kadılığını da yürüten Molla Fenâri, bir mahkeme esnâsında, sultan Yıldırım Bâyezid Hânın şâhidliğini dahi kabûl etmemiştir. Şöyle ki: Mahkemede dâvâ konusu olan bir hâdisenin şâhidi olarak pâdişâhın da dinlenmesi icâbetmişti. Kâdı Molla Fenâri, huzûrunda duruşmaya çıkan Pâdişâhın şehâdetini, İslâmiyetin aradığı şâhidlik şartların dan biri kendisinde bulunmadığı için red etmişti. O da, namazlarda Pâdişâhın cemâatte görülmemesiydi. Çünkü dinimizde, cemâat ile namaz kılmayı terk edenin mahkemedeki şâhidliği makbûl değildir. Bunun üzerine Yıldırım Bâyezid Han hemen oturduğu sarayın yanına bir câmi inşâ ettirerek, beş vakit namazı, cemâati hiç terk etmeden kılmağa başladı.