Ancak Cem Sultan'ın Rodos'ta bırakılması tehlikeliydi. Osmanlılar, Anadolu'ya çok yakın olan bu adayı her an kuşatabilirlerdi. İki yıl önce Mesih Paşa kumandasında yapılan kuşatma gibi. Böylece Cem Sultan isteği dışında 1 Eylül 1482 ünü gemiye bindirildi. 46 gün sıkıntılı bir deniz yolculuğundan sonra Savoie Dukalığına ait olan Fransa'nın Nice limanına çıkarıldı.Öte yandan Rodos Şövalyelerinin reisi ile II. Bayezid arasında bir anlaşma imzalan dı. 7 Aralık 1482 tarihli bu anlaşmaya göre, Cem Sultan'ın bakım ve gözetim masrafı olarak Rodos'a her yıl 45.000 duka altını ödenecekti.Şövalyeler, ellerindeki değerli esiri şatodan şatoya dolaştırırken, Avrupa'da yoğun siyasi çalkantılar meydana geldi. Fransa, Macaristan ve Venedik Cem'i elde etmek için yarışa girmişlerdi. Papa da Şehzadenin kendisine teslimini istiyor ve tehditler savuruyordu. Hatta Memluk Sultanı Kayıtbay bile devreye girmiş ve Fransa Kralına 1 milyon duka altını teklif etmişti.Bu gelişmeler Rodos Şövalyelerinin elini kolunu bağlamıştı. Şehzadeyi uzun süre koruyamayacaklarını biliyorlardı. Onu Macaristan Kralı Mathias Corvin'e satmaya kalkışı şınca Venedik şiddetli tepki gösterdi. Avrupa'nın bu en güçlü denizci devletiyle bozuşmak, Şövalyelerin işine gelmezdi. Diğer yanda, Cem Sultan'ın Alman İmparatoru Maximilien'in eline düşme ihtimali Fransa'yı korkutuyordu. Bu telaş içinde Cem'in, Papa himayesine verilmesini kabul etti ve Şövalyelerle anlaştı.Ancak Bayezid'in gönderdiği elçi ile yapılan görüşmeler sırasında Fransa'nın cazip tekliflerde bulunması işin rengini değiştirdi. Tehlikeyi sezen Şövalyeler ise, Cem'i alelacele bir gemiye bindirip Toulon'dan yola çıkardılar. Böylece Osmanlı Şehzadesinin 6 yıl 4 ay süren Fransa serüveni tamamlanmış, 13 Mart 1489 günü Roma'ya varmıştı. Burada büyük bir törenle karşılandı ve Vatikan Sarayına yerleşti. Ertesi gün Papa VIII. İnnocent tarafın dan kabul edildi. Huzura alınmadan önce, bütün Hristiyan hükümdarlarının bu en büyük din adamının ayağını öptükleri, sadece Alman İmparatorunun dizini öptüğü kendisine hatır latılmış, ona göre davranması istenmişti. Cem ise, ancak Allah'tan mağfiret umacağını, hiç kimsenin karşısında eğilmeyeceğini söylüyordu. Bu yolda ölüme bile razıydı. Nitekim, kavuğunu bile çıkarmaksızın sadece başı ile selam verdi, Papa da onu kucaklayıp öptü. Papalar bunca tecrübelerine rağmen, hâlâ haçlılık zihniyeti ve saplantısından kurtu lamamışlardı. VIII. İnnocent de, Cem'in gelişi dolayısıyla eline çok büyük bir fırsat geçtiğini sandı. Hele onu Hristiyan yapabilirse, Osmanlıları mutlaka Avrupa'dan söküp atacağını düşünüyordu. Bir gün kendisiyle konuşurken Hristiyan olmasını resmen teklif etti.Oysa yanılmıştı. Cem Sultan, değil Osmanlı Padişahlığı, bütün dünyanın hükümdarı payesi kendisine verilse, dininden dönmeyeceğini kendisine sertçe bildirdi. Ve konuşmanın bittiğini belirtmek için ayağa kalktı. Yaptığı gafı anlayan Papa, onu teselli ederek meseleyi kapatmak zorunda kaldı.Bu hüsran VIII: İnnocent'i yine de niyetinden vazgeçirmedi. Nitekim 1490 Mart ayı sonunda topladığı kongrede, Osmanlılara karşı üç ayrı orduyla harekete geçilmesi kararını aldırttı. Macar Kralı Mathias Corvin'in ölümü, alınan kararı akim bırakacaktı. O yıl, II. Bayezid'in elçisi olarak Vatikan'a gelen Kapıcıbaşı Mustafa Bey, Cem'in üç yıllık masraf bedelini de getirmişti. Varılan anlaşmaya göre, Şehzade için her yıl 40 bin duka altını ödenecekti. Vatikan, yüklü bir gelir kaynağına kavuşmuş oluyordu.VIII. İnnocent'in 149'de ölümü üzerine yerine VI. Alexandre Borgia seçildi. Ve Cem daha serbest bir hayata kavuştu. Artık Roma dışında at gezintileri bile yapabiliyordu. Yeni Papa'nın haçlı seferi tertipleme konusunda selefinden pek farkı yoktu. O da Hristiyan kraları kışkırtıp duruyordu. Ayrıca Osmanlılardan daha fazla para sızdırmanın çarelerini arıyordu. İstanbul'a gönderdiği Giorgio Buzzardo vasıtasıyla, senelik 40.000 altın karşılığında Cem'i muhafazaya devam edeceğini bildirmişti. Ama bir defaya mahsus olmak üzere 300.000 altın gönderilirse, Şehzadenin vücudunu ortadan kaldırabilir, böylece mesele kökten halledilirdi. Açıkçası, para uğruna kiralık katil olmayı teklif ediyordu. Lakin hiç hesapta olmayan siyasi gelişmeler, onun kirli niyetlerini allak bullak edecek, "altın yumurtla yan tavuk" da uçup gidecekti.Fransa Kralı VIII. Charles, 1494 yılının Ekim ayında İtalya sınırını aştı ve 1495 başlarında Roma'ya girdi. Papa, Cem Sultanı da yanına alarak San Angelo şatosunda sığın dı. Nihayet anlaşma sağlandı ve VIII. Charles ile görüşen Cem, 26 Ocak günü Fransızlara teslim edildi. 2 gün sonra da Napoli üzerine yürüyen Fransız ordusuyla birlikte Roma'dan ayrıldı.Bitip tükenmez esaret hayatı zavallı Şehzadenin sağlığını bozmuştu. 16 Şubat günü San Germano'ya gelindiğinde, Cem'de hastalık belirtileri görüldü. Rahatsızlığı gittikçe arta rak yüzü, gözleri, boynu şişti. Artık ayakta duramıyor, zaman zaman kendisini kaybederek sayıklıyordu. VIII. Charles Napoli'ye girince onu, kendisinin kalacağı Capua şatosuna yerleştirmiş, iyileşince âzâd edeceği sözünü vermişti. Bunun üzerine Cem, "Elhamdülillah, serbestlik ve kurtuluş sözü kulağımıza girdi" diyerek Allah'a şükretti. Ne çare ki yatağa mahkum olmuştu. Daima, "Yâ Rabbi! Eğer bu kafirler beni bahane edip Ehl-i İslam üzerine yürümeye kalkarlarsa, beni o günlere eriştirme, canımı al" diyerek dua ediyordu. Nihayet duaları kabul oldu ve 25 Şubat 1495 Çarşamba günü şehadet getirerek, Napoli'de vefat etti. henüz 35 yaşındaydı.Acı haber İstanbul'a ulaşınca, Sultan Bayezid'in emriyle üç gün Kur'ân-ı Kerimler okutuldu. Dükkanlar, çarşılar kapatıldı. Fakirlere 100.000 akçe dağıtıldı. Bütün camilerde gâib cenaze namazı kılındı.Şehzadenin cenazesi ise, ancak dört yıl sonra teslim edildi. Çünkü Papa, Napoli kralı nı tehdit edip tabutu almak istiyordu. Cem'in cesedini Padişaha satmak gibi çirkin teşebbüs lere girişmişti. Fakat VIII. Charles'ın yerine Fransa kralı olan XII. Louis, Napoli üzerine yürüyünce mesele kendiliğinden halloldu. Papalık ve Fransa'dan sonra Osmanlı Devletini de karşısına almayı doğru bulmayan Napoli kralı, 1499 yılının Ocak ayında tabutu İstanbul' a gönderdi. Şehzadenin cenazesi Mudanya'da karaya çıkarıldı. Oradan Bursa'ya götürüldü ve Fatih'in büyük oğlu Mustafa'nın yanına defnedildi. Böylece Osmanlıları ve Avrupa'yı 18 yıl meşgul eden Cem Hadisesi kapanmış oldu.