Güzide müsâfir Üsküdar'a ulaştığı gün, kalabalık bir ulemâ topluluğu onu istikbâle gelmişti. O devrin büyük şâirlerinden vezir Ahmed Paşa da bunların arasında idi. Uzunca müddet sohbet ettiler ve birbirlerine ısındılar. Hazret-i Fâtih, sarayında her ikisini birlikte kabul etti ve Ali Kuşçu'ya sordu: " Ahmed Paşa'yı nasıl buldunuz?" Acem ve Arap memleketlerinde emsâli yoktur.Sultan Fâtih aldığı cevabın eksiğinı şöyle tamamladı:" Moğol illerinde de menendi bulunmaz. Hele siz de bizim sarayımızda iken... Sonra şöyle devam etti: Bilir misiniz, size sunulan harçlık şahsınıza değil ilminize (kalem ve kelâmınıza) idi. Helâlliğinden emin olunuz!..Fâtih Sultan Mehmed Hân, onu Ayasofya Medresesi'ne müderris olarak tâyin etti. Bunun yanında kendi hususi kütüphânesinin müdürlük vazifesini de verdi. Ali Kuşçu merhûmun, İstanbul medreselerindeki astronomi ve matematik ilimlerindeki çalışmaları neticesinde, büyük gelişmeler oldu. Derslerine İstanbul'un meşhur âlimleri de iştirak ederdi. Hatta Hz. Fâtih, vakit ve fırsat buldukça bizzat kendisi de... İlim sâhasındaki hizmetleri ile meşhur olan Hoca Sinan Paşa, Molla Lûtfi ve Ali Kuşçu'nun oğlu Mirim Çelebi gibi âlimler, hep onun derslerinde yetiştiler.Ali Kuşçu merhum, Risâletü'n-fi'l-Fethiyye isimli eserinin son kısmına gök cisimlerinin uzaklıklarıyla alâkalı bir bâb ilâve edip, Otlukbeli Zaferi'nin bir hediyesi olarak Hz. Fâtih'e arz etmiştir. Bu eserde, ekliptiğin eğimini hesap eden Ali Kuşçu, eğimi 23° 30' 17" (yirmi üç derece, otuz dakika, on yedi sâniye) olarak bulmuştur. Astronomide gelinen bugünkü imkânlarla bulunan değer ise, 23° 17' dır. Bu iki değer arasındaki küçük fark, herhalde, Ali Kuşçu'nun astronomi ve matematik ilmindeki derecesinin yüksekliğini ortaya koymaya kâfidir