İlim öğrenmek için İstanbul'a giden Harputlu İshak Efendi Sahn-ı Semân Medreselerinde ders gördü. Sonra icâzet aldı ve ilim öğrendiği medresede ders vermeye başladı. Zamânın Sultânı Abdülaziz Han tarafından saraya dâvet edildi. Sultan ona huzur hocalığını verdi. 1855'te ise Dârülmaârif hocalığına getirildi.

Hıristiyanların; "İslâmiyet kılıç zoruyla yayıldı ve kabul ettirildi" iddiâlarını değişik delillerle çürüten Harputlu İshak Efendi; "Saldırmakla, öldürmekle bu yüce din yayılmadı. Bu devletleri ayakta tutan, yaşatan büyük ve başlıca kuvvet; imân, adâlet, doğruluk ve fedâkarlık kudretiydi. Ruslar, yüz yıldan beri istilâ ettikleri Kazan, Özbekistan, Kırım, Dağıstan ve Türkistan'da bulunan Müslümanların küçük çocuklarından, en ihtiyarına kadar her ferd için senede birer altın almışlardır. Ayrıca askerlik yapmak, mekteplerde Türkçe konuşturmayıp, zorla Rusça öğretmek gibi çeşitli işkence ve zorlamalara rağmen bu kadar senedir Rusya'daki Müslümanlardan kaç kişi Hıristiyan olmuştur?" buyurdu. Yine protestanların; "Oruç tutmak gibi ağır bir yükü, insanlara yüklemek yerine, insanın yalnız bozuk, kötü niyetlerden ve bâtıl düşüncelerden kendini uzaklaştırmasını herkese tavsiye ederiz" sözlerine ise şu cevabı verdi:

"Allah tarafından gönderilen hak dinin ahkâmını insanlar değiştiremezler. Oruç, yalnız aç ve susuz kalmaktan ibâret değildir. Orucun bâtıni birçok hikmet ve faydaları vardır. İlâhi esaslar üzerine binâ edilmiş olan bir farzı papazların ve hiçbir kimsenin tahrif etmeye, değiştirmeye salâhiyeti yoktur. Oruç zâhiri ve lüzumsuz amel değildir."
Harputlu İshak Efendi buyurdu ki:

"Akıl sâhibi olan herkesin açıkça gördüğü gibi, kâinâta ibret nazarıyla bakıldığında, bütün işlerin ve hallerin, bir düzen içinde değişmeyen kânunlara bağlı olduğu görülür. O kânunları koyan ve aynı şekilde hıfz eden bir yaratıcının, yâni vâcib-ül-vücûd olan Allahü teâlânın lâzım olduğu, aklıselim sâhibi kimseler tarafından hemen anlaşılır. İşte cenâb-ı Hak, bu her şeyin ilk başlangıcı ve keyfiyeti, nasıl olduğu akıl ile anlaşılmayan ezeli ve ebedi olan mutlak yaratıcısıdır. O, bütün kemâlâtı ve üstünlükleri kendisinde toplamıştır."